Keberanian visual Panji Tengkorak patut diacungi jempol, meski nuansa animasinya mengingatkan pada Spider Verse. Detail animasi memanjakan mata, tapi penempatan lagu kadang janggal dan mengganggu tensi. Flashback kurang padat, beberapa karakter kurang digali. Tetap, animasi Indonesia akhirnya berani tampil beda di genre action.
Panji Tengkorak menghadirkan cerita antihero lokal dengan tone gelap dan visual 2D realistis, tapi narasinya berantakan karena alur maju-mundur dan terlalu banyak karakter. Emosi dan latar kurang tergali, scoring musik sering mengganggu. Meski jauh dari sempurna, film ini layak diapresiasi sebagai langkah berani animasi Indonesia.